济南市第二人民医院设有内、外、妇、中医、口腔等科室，以眼科最具特色，是市政府命名的唯一一家集医疗、诊断、科研、教学、美容、医学配镜为一体的大型眼科医院。医院眼科被评为"济南市领先专业"、"山东省医药卫生特色专科(a)级"，拥有床位300张，眼科年门诊量150000余人次，年手术量10000多例。分白内障、眼底病、角膜病、青光眼、眼激光、眶肿瘤、眼肌病、眼外伤、泪器病、中医眼科、美容整形、十一个专业组和验光复光配镜中心、近视眼激光治疗中心两大中心。
济南市第二人民医院拥有高层次的临床科研人才队伍，其中具有高级职称105人，研究生以上学历60余人(博士20余人)，数十人有海外留学经历。张华同志当选为山东省医学会眼科专业委员会副主任委员、山东省康复医学会副主任委员、山东省医学会移植学会副主任委员、山东省眼科医师协会副主任委员，济南市医学会眼科分会副主任委员，获全国先进工作者称号，享受国务院特殊津贴;王玉同志当选为山东省眼科学会副主任委员、山东省中西医结合眼科学会副主任委员、山东省眼科医师协会副主任委员、济南市医学会眼科分会主任委员，获山东省有突出贡献的中青年专家称号，享受国务院特殊津贴。另有多名专家荣获济南市卫生系统专业技术拔尖人才等荣誉称号。
济南市第二人民医院还兼有济南市眼科研究所，拥有“3d角膜塑形中心”、“山东省糖尿病眼病防治中心”、“济南市眼科质量控制中心”、“全国弱视斜视防治中心济南市分中心”、“济南市视力康复中心”、“济南市眼科重点实验室”、“济南市眼库”。其中3d角膜塑形技术是医院最新引进的源自美国的青少年非手术近视矫治近视的方法，依托医院强大的专家设备技术优势，成为全省广大青少年学生近视矫治的最佳选择。医院承担着大量前沿学术研究及课题攻关工作，获科研成果奖五十余项，其中有五项成果获济南市科技进步一等奖。由我院举办的"国际眼科新技术研讨会"已成为山东省乃至全国知名学术品牌。医院已与美国、德国、加拿大、澳大利亚、荷兰、日本等十余家知名眼科诊疗与科研机构建立了长期协作关系，多次承接由省政府组织的国际奥比斯眼科飞机医院、香港狮子会组织的防盲治盲行动及基层眼科医师培训计划，为受眼病困扰的人群送去了健康和福音